Quando o mutante Proteus descobre que seu próprio pai, que havia o abandonado no passado, é um importante político, ele o ataca bem no meio de seu discurso. Xavier entra na parada para tentar conter Proteus e ainda ajudar o garoto, cujo nome real é Kevin, a se reconciliar com seu pai, Xavier ajuda Moira McTaggert para deter seu filho Proteus. Magento oferece levar todos os mutantes para um asteroide onde poderão viver em paz. Mas diversos governantes globais ficam preocupados com o plano e resolvem explodir o local. Ao descobrir tal plano, Charles Xavier decide intervir e, com a ajuda de Fera e Gambit, os três vão ao encontro de Magneto no asteroide, mas acabam sendo acusados de assassinar Magnus. Com o desaparecimento de Magento, Fabian Cortez assume o controle do Asteroide M e passa a manter a Terra como refém sob a mira de um incrível arsenal de armas nucleares. Os X-Men terão que provar a sua inocência, encontrar Magento e impedir Cortez de destruir o mundo. Em 3999, Apocalipse derrota Cable e rouba-lhe o computador que permite viajar no tempo.Bem no dia da segunda tentativa de casamento de Jean e Scott, Sr. Sinistro e os Nasty Boys sequestra a noiva. Enquanto isso, Bishop fica preso numa fenda temporal. Sua irmã Shard, vai em seu socorro mas vai parar na Mansão X. Na verdade, Apocalipse e seus aliados malignos (Carrascos e Irmandade) estavam querendo criar uma nova raça de humanos. O Professor Xavier descobre o plano ao perceber que todos os mutantes sequestrados tinham poderes psíquicos. O problema era saber onde o vilão estava e como chegar até ele para detê-lo.
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