Tudo começa quando o Professor Xavier e Jean Grey têm um forte ataque psíquico, que causa uma explosão, fazendo com que a Mansão X seja destruída e Jean desapareça. Wolverine reúne os heróis e assume a liderança destes. Quem dá as instruções a Wolverine é o próprio Xavier,que está num coma que durará 20 anos.Ele consegue manter contato do futuro com os X-Men, os orientando sobre os acontecimentos que levarão o mundo à destruição (Charles viu um mundo dominado por robôs, com humanos e mutantes derrotados, sem vencedores). Enquanto isso, Magneto recruta novos membros para sua Irmandade de Mutantes: Dominó, Blob, Avalanche e Mercúrio. Pressionada pelos membros da Irmandade, em particular Dominó, Vampira também passa a fazer parte da mesma. Mais tarde, sai por conta própria e se junta novamente aos X-Men. O grupo sequestra o Senador Robert Kelly, e isso faz com que os humanos odeiem ainda mais os mutantes, os fazendo produzir robôs especiais para os exterminarem: os Sentinelas. Começa então a travar-se uma verdadeira guerra entre os homo sapiens e os homo superior. A primeira temporada gira em torno dos esforços dos X-Men em evitar que o mundo seja destruído pelos Sentinelas e o Molde-Mestre. Nos últimos episódios da primeira temporada, Ciclope descobre a seguinte verdade:A explosão ocorrida na mansão foi gerada por Jean (possuída por uma entidade psíquica chamada Fênix),que teve o ataque psíquico gerado por Emma Frost e as sacerdotisas da entidade(como pode ser visto pelas vestes),as Gêmeas Stepford. Em uma tentativa liberar a Fênix,as sacerdotisas absorvem a entidade de Jean Grey e se tornam as novas anfitriãs.Finalmente, os X-Men conseguem evitar a catástrofe que seria causada pelas Sentinelas e mudam o futuro. Também conseguem deter a Fênix que foi “hóspede” das Stepford, graças ao sacrifício de Emma Frost, que se colocou a frente do casal(Jean Grey e Scott Summers) em forma de diamante para salvar a vida de Ciclope e Jean, o que resultou em sua morte. Charles então, aparece num novo futuro, que não está destruído, mas está dominado pelo Apocalypse. Inicia-se então outra missão para os X-Men.
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