Na segunda temporada, que inicia com a segunda parte do último episódio da primeira, as espiãs tentam desvendar os truques do vilão Marco Lumière. No final do episódio, Alex, que havia sido sequestrada, é salva enquanto o vilão é preso. Em um dos episódios da temporada, as mães de Alex, Sam e Clover acabam sendo controladas pelo vilão Tim Scam (que já havia participado da série na temporada anterior). O vilão Sebastian Saga, primeiro vilão apresentado na série, também retorna nesta temporada em um episódio. A agência S.P.I., uma rival da WOOHP, acaba tomando todos os casos da empresa, mas no final acaba fechando suas portas.
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